Benedykt IX pochodził z potężnej rzymskiej rodziny hrabiów Tusculum, która od pokoleń kontrolowała politykę Kościoła. Zasiadł na tronie papieskim w 1032 roku, najprawdopodobniej mając około 20 lat, choć niektóre źródła sugerują, że był jeszcze młodszy – możliwe, że zaledwie 11-12 lat. Jego wybór zawdzięczał wpływom ojca, który przekupił elektorów. Był jednym z najmłodszych papieży w dziejach.
Papież nie cieszył się dobrą opinią ani w Rzymie, ani poza nim. Kronikarze pisali o nim jako o człowieku rozpustnym, oddanym uciechom cielesnym, który nie ukrywał swoich przyzwyczajeń nawet jako głowa Kościoła. Święty Piotr Damiani, współczesny mu reformator, oskarżał Benedykta IX o „niegodziwości, które nie powinny być nawet wspominane”. Miał urządzać orgie w Pałacu Laterańskim, a jego życie prywatne było tematem publicznego zgorszenia.
Benedykt IX panował jako papież aż trzykrotnie. Po raz pierwszy od 1032 do 1044 roku, kiedy to został wypędzony z Rzymu przez zbuntowaną ludność. Wrócił rok później, odzyskując urząd dzięki interwencji zbrojnej. Jednak w 1045 roku doszło do wydarzenia bez precedensu w historii papiestwa: Benedykt IX sprzedał tiarę swojemu krewnemu – Janowi Gracjanowi, który został papieżem Grzegorzem VI. Według przekazów, Benedykt potrzebował pieniędzy, by się ożenić. Ostatecznie nie tylko nie wziął ślubu, ale jeszcze raz próbował odzyskać papieski tron. Udało mu się to na krótko w latach 1047–1048.
Chaos, jaki wywołały trzy równoległe roszczenia do papieskiego tronu – Benedykta IX, Grzegorza VI i antypapieża Sylwestra III – doprowadził do interwencji cesarza Henryka III. W 1046 roku zwołano synod w Sutri, który pozbawił wszystkich trzech godności. Cesarz osadził na tronie swojego kandydata – Klemensa II. Benedykt IX jeszcze raz próbował odzyskać władzę po śmierci Klemensa, ale bezskutecznie. Ostatecznie wycofał się z życia publicznego.
Nie jest pewne, gdzie i kiedy zmarł. Według niektórych źródeł zakończył życie jako mnich w klasztorze. Inne sugerują, że został ekskomunikowany, a późniejsze dokumenty próbowały wymazać jego postać z historii Kościoła. Jego pontyfikat pozostał jednak jednym z najbardziej szokujących epizodów w dziejach papiestwa.
